에이프로젠은 연속배양(perfusion) 방식을 채택하고 있다. 삼성바이오로직스와 셀트리온을 비롯한 다수 회사는 유가식단회배양(Fed batch) 방식을 사용한다. 유가식단회배양 방식은 동물세포를 약 2주 키운 후에 배양액을 마지막 날에 한번에 회수한다. 연속배양 방식은 배양기에 새로운 배지를 계속 공급해 공급된 동일한 양의 배양액을 약 2~3주간 매일 회수한다.
이 회사는 제품마다 차이는 있으나 배양을 시작하면 평균 20일간 배양액을 회수한다. 하루에 회수하는 평균 배양액의 양은 배양 부피(배양기 크기의 약 80%)의 1.5배이다. 에이프로젠 공장의 4개 스위트에는 각각 2,500리터 크기의 연속배양기가 설치돼 있다. 4개 스위트를 동시 가동할 경우 배양 1회당 회수하는 배양액 총량은 ‘2,500리터 * 80% * 1.5배 * 20일 회수 * 4개 스위트 = 24만 리터’다. 이에 따라 에이프로젠은 연간 240만 리터 ~ 288만 리터의 배양액을 생산할 수 있다.
또한, 에이프로젠 공장의 각 스위트에는 약 6만리터의 배양액으로부터 항체를 순수 분리할 수 있는 정제시설이 각각 독립적으로 설치됐다. 이 회사의 바이오시밀러 배양액 내 농도가 평균 1.6 g/L고 정제 수율이 최소 80%이상이다. 스위트 당 연간 최소 10배치 생산이 가능하기 때문에 연간 최대 항체 생산능력은 ‘6만 리터 * 4개 스위트 * 1.6 g/L * 10배치 * 80% 정제수율 = 3,072,000그램’으로 연간 최대 항체생산능력이 최대 3,000kg에 달한다고 회사측은 설명했다.
에이프로젠 공장은 충청북도 오송생명과학단지 내에 위치하고 있다. 공장시설 연면적은 52,247 제곱미터이고 총 건설비는 약 3,700억원이 소요됐다. 이 공장에서 현재 레미케이드와 허셉틴 바이오시밀러를 생산하고 있고 향후 리툭산, 휴미라 등 다른 바이오시밀러 뿐만 아니라 퇴행성관절염 치료제, 급성백혈병 치료제, 면역관문 항암제 등 개발중인 이중항체 신약도 생산할 계획이다.