[로이슈=신종철 기자] 국세청이 2009년부터 기업들에게 거둬들인 종합부동산세 가운데 일부가 ‘이중과세’에 해당한다는 대법원 판결이 처음으로 나와 주목된다.

종합부동산세는 종합부동산세법상의 과세기준일인 매년 6월 현재 일정한 가액을 초과하는 주택과 토지를 보유하는 자에 대해 그 부동산 가액을 과세표준으로 삼아 과세하는 세금이다.

국세청은 2008년말 개정된 종합부동산세법과 시행규칙에 따라 2009년 부과분부터 종부세 과세기준을 넘어선 금액에 공정시장가액비율(당시 70%, 현행 80%)을 곱한 금액을 기준으로 재산세 공제액을 계산해 왔다.

그러나 한국전력공사(한전), KT, 국민은행, 조선호텔, 신세계, 홈플러스테스코 등 25개 기업은 “동일한 과세 대상에 대해 재산세와 종합부동산세를 중복해 부과하면 이중과세로서 위법하다”며 소송을 냈다.

이들은 “세무서가 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세법 시행규칙의 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대해 부과된 재산세액에 다시 (종합부동산세) 공정시장가액비율을 곱해 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았다”며 “따라서 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다”고 주장했다.

1심인 서울행정법원은 2011년 6월 “종합부동산세법 시행규칙의 계산방식은 종합부동산세법 및 시행령에서 정하고 있는 것보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반되고, 이에 근거한 피고들의 처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다”며 기업들의 주장을 받아들였다.

반면 항소심인 서울고등법원은 2011년 12월 이들 25개 기업들이 강남세무서장 등 관할 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세부과처분 등 취소 청구소송에서 원고 승소 판결을 1심을 뒤집고 원고 패소 판결했다.

재판부는 “종합부동산세는 과세기준금액을 초과해 부동산을 보유하고 있는 자에게 부과되는 세금이긴 하나, 주택 등에 대해 공시가격에서 6억원 등의 과세기준금액을 초과하는 부분 전부가 아니라 공시가격 합계액에서 6억원 등을 공제하고 여기에 다시 공정시장가액비율과 세율을 곱해 계산함으로써 공제된 과세기준금액 및 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 종합부동산세는 부과되지 않으므로, 이중과세의 문제는 생기지 않는다”고 판단했다.



하지만 대법원의 판단은 1심과 마찬가지로 이중과세라고 봤다.

대법원 제1부(주심 고영한 대법관)는 KT, 한국전력, 신세계, 국민은행 등 25개 기업이 자신의 관할 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세 부과처분 취소 청구소송 상고심(2012두2986)에서 원고 패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 12일 밝혔다.

재판부는 “2005년 1월 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위해 재산세 과세표준을 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위해 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 했고, 2005년 1월 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 했다”고 말했다.

또 “2005년 1월 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고, 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산해 일정한 과세기준금액을 초과해 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있다”고 덧붙였다.

재판부는 “피고들이 이 사건 시행규칙 산식을 적용해 공제되는 재산세액을 산정한 것이 적법하다고 판단한 원심은 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법에 관한 법리를 오해한 위법이 있다”며 파기환송했다.

이번 대법원의 판결에 따라 소송을 낸 25개 기업은 파기환송심을 통해 더 낸 세금을 돌려받을 수 있게 된다. 또한 이번 판결로 이중과세 환급을 받기 위한 소송이 이어질 전망이다.