공직자의 범죄행위 등에 관한 직무를 수행하기 위해 법무부 소속으로 특별수사청을 두며, 특별수사청은 정부조직법 제2조에 따른 중앙행정기관으로서 그 권한에 속하는 임무를 독립해 수행하도록 했다.
특별수사청의 수사 대상인 공직자는 국회의원, 장ㆍ차관 이상 공무원, 법관, 검사, 감사원ㆍ국정원ㆍ금융위원회ㆍ공정거래위원회ㆍ국세청의 1급 이상 공무원, 금융감독원 원장ㆍ부원장ㆍ부원장보ㆍ감사로 지정했다.
또 특별수사청에 특별수사청장 1명과 차장 1명을 두되, 청장은 정무직으로 하고 차장은 고위공무원단에 속하는 별정직 국가공무원으로 하며, 특별검사의 정원은 10명으로 하고, 특별수사관의 정원은 50명으로 정했다.
임기 4년의 특별수사청장은 15년 이상 법관ㆍ검사 또는 변호사로 활동한 사람이나, 학식과 덕망을 갖추고 부패방지 관련 분야에 풍부한 경험과 식견을 가진 사람으로서 특별수사청장 추천위원회의 추천을 받은 후보자 중에서 국회 인사청문회를 거쳐 대통령이 임명하는 것으로 했다.
이와 함께 특별검사는 5년 이상 법관ㆍ검사 또는 변호사로 활동한 사람 중에서 청장의 제청으로 대통령이 임명하되 특정직 공무원으로 정했다.
국회는 특별수사청에서 수사하는 것이 상당하다고 인정되는 사건에 대해 의결을 거쳐 특별수사청에 수사를 의뢰할 수 있도록 했다.
주성영 의원은 “국회의원, 장관급ㆍ차관급 이상의 고위공무원, 법관 및 검사 등 공직자의 직무관련 범죄 등 특정한 범죄에 대해 엄정하게 수사하고 기소할 수 있는 특별수사청을 설치해 공직자의 청렴성과 공무집행의 공정성을 확보하고 국가의 투명성과 공직에 대한 신뢰를 제고하기 위해 법안을 발의했다”고 밝혔다.