[로이슈=신종철 기자] 국민은행이 세무당국과의 법정공방 끝에 대법원에서 최종 승소해, 4121억원의 법인세를 돌려받게 됐다.

국민은행은 2003년 9월 자사가 74%의 지분을 보유하고 있던 ‘국민카드’를 흡수 합병했다.

국민카드는 여신전문금융업감독규정에 따라 자신이 보유한 채권에 대해 자산건정성에 따라 일정한 비율의 대손충당금을 설정해야 하는데, 국민카드가 합병 당시 보유한 채권에 대해 적립해야 하는 대손충당금은 1조 2664억원이었다.

그런데 국민카드는 대손충당금을 회계장부에 처리하지 않고 합병 후에 총 9320억원을 손실로 처리해 2003년 법인세를 신고했다.

이에 대해 세무당국은 대손충담금을 비용으로 처리해 세금을 고의로 낮췄다고 보고 법인세와 농어촌특별세로 총 4121억원을 부과했다.

그러자 국민은행은 “대손충당금의 비용계상은 세법상 결산조정사항으로서 원고는 세법상 허용된 범위 내에서 납세자에게 유리한 선택을 한 것이므로, 이는 납세자의 선택권 행사에 불과하고 납세자 간의 사적 거래에 해당되지 않는다”며 소송을 냈다.

1심인 서울행정법원 제1부(재판장 오석준 부장판사)는 2011년 4월 국민은행이 중부세무서장을 상대로 낸 법인세 등 부과처분취소 청구소송에서 “이 사건 과세처분은 위법하다”며 원고 승소 판결했다.

항소심인 서울고법 제3행정부(재판장 이대경 부장판사)도 2012년 1월 중부세무서장의 항소를 기각하며 국민은행의 손을 들어줬다.

재판부는 “법인세법 제34조 제1항은 대손충당금을 납세자가 손금으로 계상한 경우에 비로소 손금에 산입하는 것으로 규정해 납세자에게 대손충당금의 손금산입 여부에 관한 선택권을 부여하고 있다”고 밝혔다.

사건은 대법원으로 올라갔고, 대법원 제2부(주심 신영철 대법관)는 15일 국민은행이 중부세무서장을 상대로 낸 ‘법인세 등 부과처분 취소’ 청구소송 상고심(2012두4111)에서 원고 승소 판결한 원심을 확정했다.

재판부는 “국민은행의 행위가 위법행위로서 소득신고에 오류ㆍ탈루가 있는 경우에 해당한다거나 신의칙에 반하는 행위에 해당한다고 할 수 없다”고 판단했다.

또 “원고가 합병 후 채권에 관한 대손충당금을 설정해 손금에 산입할 수 있다는 이유로, 이 사건 처분은 위법하다고 판단하면서, 이 사건 채권에 대한 원고의 대손충당금 설정이 소득신고의 오류ㆍ탈루로서 과세관청의 경정결정의 대상이 된다거나 실질과세의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다는 피고의 주장을 배척한 원심의 판단은 정당하다”고 설명했다.

이에 따라 국민은행은 4121억원의 법인세ㆍ농어촌특별세를 돌려받게 됐다.