[로이슈 전용모 기자] 대법원 제2부(주심 대법관 민유숙)는 2022년 10월 27일 원고가 피고(역삼세무서장)를 상대로 제기한 법인세부과처분 취소 소송 상고심에서, 피고의 상고를 기각해 이 사건 영업권은 법인세법상의 합병평가차익에 해당한다고 본 피고의 이 사건 처분이 위법하다고 보아 이를 취소한 1심판결을 유지한 원심을 확정했다(대법원 2022.10.27.선고 2021두45640 판결).

대법원은 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 세법상 영업권, 신의성실의 원칙에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다고 수긍했다.

원고는 의약품의 제조와 판매 등을 목적으로 하는 코스닥 주권상장법인으로 2009. 5. 21. 코스닥 주권상장법인인 H제약을 흡수합병하고 2009.8.7. 합병등기를 마쳤다.

원고는 기업인수·합병에 관한 회계처리준칙(이하 '결합회계준칙')에 따라 H제약의 순자산 공정가액 35,389,126,400원과 합병대가 63,576,845,000원의 차액인 28,188,718,600원을 회계장부에 영업권으로 계상했다.

원고는 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령 제24조 제4항이 정한 감가상각자산인 '영업권'에 해당하자 읺는다고 보고 이 사건 영업권의 가액을 익금에 산입하지 않았고, 세무상 감가상각비로 손금처리하지도 않았다.

'영업권'이라 함은 어떤 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치를 의미하는 것이다.

피고(역삼세무서장)는 이 사건 영업권(28,188,718,600원)이 구 법인세법 시행령 제24조 제4항 소정의 감가상각자산인 영업권으로서 구 법인세법 제17조 제1항 제호 단서에서 규정하는 '합병평가차익'에 해당하므로 해당금액을 2009 사업연도의 익금에 산입한 후 매년 감가상각비로 손금산입해야 한다는 이유로, 이 사건 영업권 28,188,718,600원을 익금산입하고 영업권 상각부인액 587,264,971원을 손금에 산입해, 2015. 3. 24.원고에게 2009 사업연도 법인세 9,991,555,400원(일반과소신고가산세 611,050,41원, 납부불성실가산세 3,321,625,419원 포함)을 경정·고지했다(이하 '이 사건 처분').

원고는 2015. 5. 12. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 조세심판을 청구했으나, 조세심판원은 2016. 7. 25. 원고의 청구를 기각했다.

그러자 원고는 피고를 상대로 법인세부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기했다.

원고는 "이 사건 영업권은 한서제약의 무형의 사업상 가치를 평가해 승계한 것이 아니라, 결합회계준칙에 따라 한서제약의 순자산을 공정가액으로 승계하면서 그 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액의 차이를 회계상 영업권으로 계상한 것에 불과하므로, 익금산입대상인 합병평가차익에 해당하지 않음에도, 피고는 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당함을 전제로 이 사건 처분을 했는데 이는 위법하고 취소되어야 한다"고 주장했다.

피고는 "원고는 한서제약의 영업상 비밀 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 형가해 이 사건 합병대가를 산정한 것이므로, 이 사건 영업권은 법인세법상의 합병평가차익에 해당한다. 따라서 피고가 같은 취지에서 한 이 사건 처분은 적법하다"고 주장했다.

1심(2016구합77186)인 서울행정법원 제11부(재판장 박형순 부장판사)는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용해 피고의 부과처분은 위법해 취소했다.

이 사건 합병에서 법령에서 정한 영업권의 자산인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 영업권에 관한 회계상의 금액을 합병평가차익으로 보아 과세하는 것은 허용되지 않는다.

또 이 사건 영업권이 그 사업상 가치를 별도로 평가해 대가가 지급된 것으로서 법인세법상 과세대상인 합병평가차익임을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 판단했다.

2013년에야 비로소 이 사건 합병 전 두 회사의 매출총액을 초과하는 약 500억 원을 기록한 점을 보면 원고가 흡수합병함으로써 특별한 초과이익을 뚜렷하게 얻은 것으로 단정하기 어렵다. 별도로 이 사건 영업권의 가액을 평가한 사실은 없다.

피고는 1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각해 달라며 항소했다.

원심(2심 2018누64247)인 서울고법 제1-1행정부(재판장 고의영 부장판사)는 2021년 6월 25일 1심판결을 정당하다며 피고의 항소를 기각했다.

피고가 주장하는 사정들만으로는 이 사건 합병 당시 H제약에게 특별히 동종 산업의 다른 기업들의 통상수익보다 높은 수익을 얻을 수 있는 초과수익력이 있는 영업권의 가치가 인정되어 원고가 H제약의 영업권에 대하여 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급했다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

또한 H제약의 자회사 D가 보유한 지적재산권이나 개발 중인 신약에 대하여, 원고가 ‘이 사건 합병 이후 유의미한 성과를 낸 경우는 없으며 그 연구개발내용의 대부분이 일반 제네릭 의약품(복제약)이므로 사업상 가치가 없다’고 다투고 있음에도 피고는 그 목록을 나열할 뿐 구체적인 사업상 가치에 대하여는 별다른 설명을 하지 않고 있다.

원고는 2009년 주식회사 'O'와 독점판매권 계약을 체결하는 등 호재가 복합적으로 작용하는 상황이었으므로, 원고가 2009년에 흑자로 전환된 것이 H제약의 초과수익력 때문이라고 단정하기 어렵다. 이 사건 합병 당시 별도로 영업권으로서 사업상 가치가 평가된 자산이 있었다고 볼 수 없다. 이 사건 합병 이후 중심적인 영업망 등을 구축한 것은 'O'의 영업기반에 기초한 것으로 보인다고 판단했다.

이 사건 영업권의 세법상 영업권 해당 여부에 관한 이 사건 처분이 취소되는 판결이 확정될 경우, 피고는 이 사건 처분에 따른 원고의 경정청구에 따라 2011 내지 2014 사업연도와 관련하여 환급한 법인세액 부분을 다시 돌려받을 수 있도록 경정결정 등을 할 수 있다고 볼 여지가 있다.

원고의 이 사건 청구가 이 사건 경정청구에 반한다고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도로 심한 배신행위에 기인했다고 보기도 어렵다.

전용모 로이슈(lawissue) 기자 sisalaw@lawissue.co.kr