[로이슈 전용모 기자] 대법원 제1부(주심 대법관 마용주)는 법인(원천)세 경정거부처분의 취소를 구하는 사건의 상고심에서 국내에는 등록되지 않은 이 사건 특허권의 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다는 원심판결을 파기하고, 이 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원(서울고법)에 환송했다(대법원 2026. 1. 8. 2022두35091 판결).

원고 LG전자는 미국법인인 '어드밴스드 마이크로 디바이시즈 잉크'(이하 AMD, 세계굴지의 CPU와 반도체 등 집적회로 생산기업)와 미국 특허권 관련 소송을 종료하고, 원고가 보유한 4개의 미국 특허권과 AMD 및 그 자회사인 캐나다 법인 '에이티아이 테크놀로지스 유엘씨(이하 ATI, 그래픽처리장치 GPU 제조·판매 기업)가 보유한 12개의 미국 등록 특허권을 상호 사용하는 대가로, 원고가 AMD에 사용료를 지급하기로 하는 내용의 특허권 라이선스 및 화해 계약(이하 '이 사건 계약') 체결했다.

원고는 2017년 10월 10일 이 사건 계약에 따른 사용료 명목으로 미화 9700만 달러를 지급하고. 피고 영등포세무서장에게 이에 대한 원친징수분 법인세를 납부했다.

원고는 이 사용료가 '국외에서 등록됐으나 국내에는등록되지 아니한 특허권'('국내 미등록 특허권') 에 대한 사용대가로서 한미조세협약에 따라 원천징수 대상이 되는 국내원천소득이 아니라는 이유로 2018년 3월 29일 피고에게 납부한 원천징수분 법인세 환급을 구하는 경정 청구했다.

하지만 피고는 2018년 8월 6일 원고의 경정청구를 거부했다. 원고는 이 사건 처분에 불복해 2018. 10. 4. 조세심판원에 심판청구를 했으나 조세심판원은 2019. 3. 14. 이를 기각했다. 그러자 원고는 피고를 상대로 행정소송을 제기했다.

(쟁점사안) ①국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부 ②ATI 특허권 사용료에 관해 '한국-캐나다 조세 협약'을 적용해야하는지 여부

1심(서울행정법원 2020. 12. 10. 선고 2019구합62093 판결)은 원고의 청구를 받아들여 '피고가 2018. 8. 6.원고에 대하여 한 2017년 귀속 법인(원천)세 16,428,404,970원의 경정거부처분을 취소한다'고 판결을 선고했다.

미국법인이 특허권을 국외에서 등록했을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국 법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 참조).

국외에 등록되었으나 국내에는 등록되지 않은 이 사건 특허권의 사용대가는 이 사건 특허권이 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용되었는지 여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 사용료가 국내원천소득에 해당한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

원심(2심 서울고등법원 2022. 1. 14. 선고 2021누30923 판결)은 1심판결은 정당하다며 피고의 항소를 기각했다.

이에 대해 대법원은 이 사건 사용료가 특허 기술을 국내에서 제조 및 판매하는 데 사용한 대가일 경우, 한미조세협약 6조 3항, 14조 4항 a호, 구 법인세법 93조 8호 단서 후문에 따라 국내원천소득에 해당한다.

그런데도 원심은 이 사건 사용료가 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유로, 특허 기술이 국내 제조 및 판매에 사실상 사용됐는지 살피지 않고 곧바로 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단했다. 이러한 원심의 판단에는 한미조세협약상 국내 미등록 특허권에 대한 사용료의 국내원천소득 해당 여부에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

전용모 로이슈(lawissue) 기자 sisalaw@lawissue.co.kr