[로이슈 김도현 인턴 기자] 서울고등법원은 부당행위계산부인에서 용역 시가 산정의 위법 여부 등이 문제된 사건에 대해 '원고일부승'선고를 내렸다.

서울고등법원은 제8-3행정부는 2025년 11월 14일,,이같이 선고했다.

사안의 개요 부동산개발, 시행업을 영위하는 원고는 특수관계인인 A법인에 상가분양 관련한 분양대행수수료와 분양성과금을 지급하였고, A법인이 포함된 공동수급체룰 통해 상가신축공사(이하 ‘이 사건 공사’)를 시행했다.

피고는 원고가 업무와 관계없이 A법인에 분양성과금을 지급하였다는 이유로 이를 기타사외유출로 보아 손금불산입하고, A법인에 이 사건 공사대금을 시가보다 과다 지급하였다는 이유로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 업종 평균 매출원가율로 산출된 시가와 공사대금의 차액을 손금불산입한 다음 각 사업연도 법인세를 경정고지했다.

법률적 쟁점은 부당행위계산부인에서 용역 시가 산정의 위법 여부와 이 사건 분양성과금이 업무관련비용으로 손금에 해당하는지 여부다.

법원의 판단은 구 법인세법 시행령 제89조는 법인이 특수관계 있는 자에게 시가보다 높은 대가를 지급하고 용역을 제공받은 것인지의 기준이 되는 용역의 시가를 정하고 있는데, 불특정다수인과의 일반적인 거래의 실례나 감정가액에 의하는 외에 보충적으로 당해 용역 원가와 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에서의 수익률을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의하도록 규정하고 있다.

피고가 보충적으로 특정 업종을 선정하여 그 평균 수익률을 바탕으로 이 사건 공사의 시가를 산정하는 방식 자체는 가능하나, 단순히 피고의 내부 시스템에서 원고가 신고한 주업종코드의 동종 업종 평균 매출원가율을 적용해 이 사건 공사의 시가를 산출하고 그 과정에서 이 사건 공사와 비교대상계약의 유사성을 확보하기 위한 합리적인 조치가 전무하였다면 이러한 시가 산정은 위법하다.

구 법인세법 제19조 제2항에서 손비에 관하여 정한 업무 관련하여 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 뜻하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려해서 객관적으로 판단해야 한다.

이에 법원은 이 사건 분양성과금은 피고 제출 분양대행계약서에 이에 대한 기재가 없고, 사후 작성된 것으로 보이는 원고 제출 분양대행계약서에 기재된 분양성과금 지급조건이 달성되었는지도 불분명한 점 등에서, 원고의 업무관련비용으로 볼 수 없다며 '원고일부승' 선고를 내렸다.

김도현 로이슈(lawissue) 인턴 기자 ronaldo0763@naver.com