[로이슈 전용모 기자] 대법원 제2부(주심 대법관 박영재)는 원고가 피고 동작세무서장을 상대로 제기한 양도소득세부과처분 취소 소송 상고심에서 피고의 상고를 기각해, 3층 다가구주택의 옥상부분을 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다며 피고의 손을 들어준 1심판결을 취소하고, 원고의 손을 들어준 원심을 수긍했다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결).

상고비용은 패소자인 피고가 부담한다. 피고가 부과제척기간 만료 시점에 임박해서야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사의 기회를 박탈한 중대한 절차상 하자와 실체상 하자로 이 사건 처분은 모두 위법하다고 판단했다.

원심은, 피고가 국세 부과제척기간(국세청이 세금을 부과할 수 있는 법적 최대기간) 만료일까지 남은 기간이 3개월 이하라는 점을 들어 과세전적부심사 절차를 거치지 않은 채 과세예고통지를 하고 1주일 만에 이 사건 처분으로 나아간 것에 대하여, 피고가 이 사건 건물에 대한 양도소득세 과세자료 등을 이관받은 시점이 2021. 8. 3.이고 과세예고통지가 있은 시점은 2022. 5. 2.이었는데, 그 사이 피고가 원고에 대한 양도소득세 부과 여부를 검토하거나 관련 사실을 조사하였다고 볼 증거가 없을 뿐 아니라, 추가 조사를 할 것이 남아 있던 상황도 아니었던 점 등을 고려하면 피고는 별다른 이유 없이 후속 절차를 지연시킨 것으로 보일 뿐 과세예고통지가 늦어질 수밖에 없었던 정당한 사유가 증명되었다고 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 처분이 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차적 하자가 있어 위법하다고 판단했다.

대법원은, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 규정의 해석과 적용, 부과제척기간, 증명책임의 소재 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다고 수긍했다.

원심은, 이 사건 옥상 부분까지 주택으로 쓰는 층수에 포함되어야 함을 전제로 이 사건 건물 전체 면적 중 3층 부분에 대해서만 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례를 적용하고 나머지 면적에 대하여는 일반세율을 적용한 이 사건 처분은 실체상 하자가 있어 위법하다고 판단했다.

대법원은 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나 구 소득세법 시행령(2017. 1. 17. 대통령령 제27793호로 개정되기 전의 것) 제155조 제15항 단서 및 소득세법상 ‘주택’에 관한 법리를 오해하거나 판단을 누락하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다고 인정했다.

-원고는 2002. 3. 8. 서울 서초구 토지 267.8㎡ 및 그 지상 건물 498.88㎡(공부상 3층 규모의 다가구주택, 이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)를 취득하고 2016. 12. 16. 이를 1,820,000,000원에 양도한 후, 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 양도소득세 14,652,830원을 예정신고ㆍ납부했다.

피고는 이 사건 옥상부분(전기 및 도시가스 요금 발생)을 포함시킬 경우 이 사건 건물은 4층에 해당한다고 보아 1세 1주택 비과세 대상인 3층 이하의 다가구주택에 해당하지 않는 점 등을 들었다.

이 사건 건물 전체 면적 중 3층 부분에 대해서만 1세대 1주택 비과세를 적용한 뒤, 나머지 면적에 대해서는 일반세율을 적용해 2022. 5. 9. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 205,095,010원(가산세포함)을 경정ㆍ고지했다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

-피고는 이 사건 처분 직전인 2022. 5. 2.원고에게 과세예고통지를 했다.

그러자 원고는 피고를 상대로 2016년 귀속 양도소득세부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기했다.

원고는, 이 사건 옥상 부분은 당초 물탱크실로 사용하던 공간으로 원고가 이를 주거용으로 단기 임대한 적이 있기는 하나, 해당 임차인이 퇴거한 뒤로는 주거시설을 철거하여 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조가 아니었으므로, 이를 주택으로 보아서는 아니 된다. 이에 따라 이 사건 건물은 원고가 당초 신고하였던 바와 같이 3층 이하의 다가구주택으로서 그 전부를 1세대 1주택으로 보아야 할 것임에도, 피고가 이와 달리 본 것은 위법하다고 주장했다.

-1심(서울행정법원 2024. 7. 24. 선고 2023구단64761 판결, 이용우 판사)은 원고의 청구를 기각했다. 1심은 이 사건 옥상부분이 주택에 해당했다고 보는 것이 타당하다고 판단했다.이 사건 옥상 부분의 면적(28.8㎡)은 적어도 이 사건 건물 건축면적(141.98㎡)과의 8분의 1(약 17.74㎡) 이상이라고 보아야 하므로, 이 사건 옥상 부분은 구 건축법 시행령 제119조 제1항 제9호에 의하더라도 층수에 반영되어야 한다. 따라서 이 사건 건물 전체를 하나의 주택으로 보아 그 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수는 없다.

원고는 1심판결의 취소를 구하며 항소했다.

원고는 1심서 한 주장과 함께 피고는 이미 이 사건 건물에 관한 과세자료를 충분히 확보했음에도, 합리적 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 않다가 국세부과제척기간 만료일이 임박한 2022. 5. 2. 과세예고통지를 하여 원고의 절차적 권리인 '과세전적부심사' 청구권을 박탈했다. 따라서 이 사건 처분에는 중대한 절차적 하자가 있다고 주장했다.

-원심(서울고등법원 2024. 12. 20. 선고 2024누56858 판결, 심준보 부장판사)은 원고의 청구를 인용해 1심판결을 취소하고, 피고가 2022. 5. 9. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 205,095,010원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다고 판결을 선고했다. 결국 이 사건 처분은 절차상으로나 실체상으로나 모두 위법해 취소를 면할 수 없다.

-과세예고통지와 과세전적부심사 제도는 1999. 8. 31. 법률 제5993호로 국세기본법을 개정하면서 납세자의 권익 향상과 세정(稅政)의 선진화를 위하여 도입한 것으로서, 과세예고통지를 받은 자가 청구할 수 있는 과세전적부심사는 위법한 처분은 물론 부당한 처분까지 심사 대상으로 삼고 있어 행정소송보다 그 권리 구제의 폭이 넓다.

과세관청이 과세처분에 앞서 반드시 하여야 할 '과세예고통지'를 하지 아니함으로써 납세자에게 '과세전적부심사'의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조).

과세관청이 스스로 정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료 시점에 임박하여서야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우까지 적법한 과세예고통지가 있었다고 볼 수는 없으므로, 이러한 경우에는 비록 형식상 과세예고통지를 하였어도, 해당 과세처분에는 취소사유에 해당하는 절차상 하자가 있다고 보아야 한다.

또 실체적 하자의 존부 관련, 2016. 5. 6.부터 2016. 10. 5.까지는 이 사건 옥상 부분의 도시가스 사용기록이 존재하지 않는다.

이미 원고가 2016. 7. 29. 이 사건 건물을 매도하여 2016. 12. 중·하순경 소유권이전등기절차까지 이행할 것을 예정하고 있었고, 더구나 매수인이 이 사건 건물을 인도받으면 조만간 철거할 것이라는 점까지 인지하고 있는 상황에서, 단기간 스스로 주거로 사용하고자 다시 이 사건 옥상 부분의 구조․기능이나 시설 등을 주거에 적합한 상태로 회복했다는 것은 경험칙에 명백히 반하므로, 위와 같은 수준의 도시가스 사용기록만으로 원고가 이 사건 옥상 부분을 주택으로 사용하였다고 추단할 수도 없다.

그렇다면 원고가 이 사건 건물을 양도할 당시 이 사건 옥상 부분을 주택으로 쓰고 있었다고는 볼 수 없으므로, 이 사건 건물은 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례의 적용 대상인 구 건축법 시행령상 다가구주택에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

전용모 로이슈(lawissue) 기자 sisalaw@lawissue.co.kr