[로이슈 전용모 기자] 대법원 제3부(주심 대법관 노정희)는 2023년 8월 18일 피고들이 원고가 지급한 부가가치세 전액 상당의 부당이득반환의무를 부담한다고 판단한 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원(서울남부지법)에 환송했다(대법원 2023 .8. 18. 선고 2019다200126 판결).

대법원은 이러한 원심판결은 부당이득반환범위 및 부가가치세법상 세액 납부, 법률행위 보충적 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.

지방자치단체인 원고는 관할구역 내에서 배출되는 생활폐기물을 처리하기 위하여 입찰절차를 거쳐 사업장폐기물에 대한 폐기물 중간처리업 허가를 받은 피고들과의 사이에 각 생활폐기물 위탁처리 용역계약을 체결했고(이하 ‘이 사건 용역’ 및 ‘이 사건 각 용역계약’이라 한다), 그 용역계약에 따라 피고들에게 용역대금과 부가가치세를 지급했다.

원고는 2013. 7.경 내부감사 과정에서 이 사건 용역의 공급이 부가가치세 면세대상임을 인지하게 됐고, 국세청에 질의하여 2013. 12. 19. 국세청장으로부터 이 사건 용역의 공급이 면세대상이라는 회신을 받았다.

이에 원고는 2013. 11. 21.경 피고들에게 원고가 기지급한 부가가치세 상당액의 반환을 요구했다.

피고들은 과세관청에 부가가치세 경정청구를 하여 환급받은 부가가치세 환급액을 원고에게 반환했다. 그런데 위 환급액은 원고가 지급한 용역대금에 대한 부가가치세 매출세액에서 위 용역의 공급과 관련된 피고들의 매입세액이 공제된 금액 상당이었다.

원심(2심 서울남부지방법원 2018. 11. 22. 선고 2017나65782 판결)은 원고와 피고들은 이 사건 용역의 공급이 부가가치세 과세대상이라고 착각하고 원고가 부가가치세를 부담하는 내용의 이 사건 각 용역계약을 체결했다. 만일 원고와 피고들이 위와 같이 공통으로 착오에 빠져 있지 않았다면 원고가 부가가치세를 부담하는 내용의 약정은 체결하지 않았을 것으로 보는 것이 당사자의 진정한 의사에 부합하므로, 이 사건 각 용역계약에서 부가가치세 약정 부분은 제외하는 것으로 수정하여 해석하는 것이 타당하다. 따라서 원고가 피고들에게 부가가치세 명목으로 지급한 금원은 법률상 원인 없이 수수된 것이므로, 피고들은 특별한 사정이 없는 한 원고에게 미반환 부가가치세 상당액을 부당이득금으로 반환할 의무가 있다고 판단했다.

대법원은 원심의 판단은 그대로 수용하기 어렵다고 봤다.

원고와 피고들이 이 사건 각 용역계약 체결 당시 이 사건 용역의 공급이 부가가치세 면세대상이라는 사정을 알았다면 원고가 피고들에게 부가가치세를 제외하고 기존 용역대금에 상당한 금액만을 지급하기로 약정했을 것으로 보기 어렵다고 판단했다.

그 이유로, 이 사건 용역의 공급은 부가가치세 면세대상임에도, 원고와 피고들은 이를 부가가치세 과세대상이라고 착오하여 이 사건 각 용역계약을 체결했다. 그로 인하여 이 사건 용역의 공급이 부가가치세 면세대상일 경우, 피고들이 공제받지 못하는 매입세액을 용역대금에 어떻게 반영할 것인지에 대하여 구체적 약정을 하지 않았다고 했다.

일반적인 과세사업의 경우, 사업자는 용역을 공급받는 자로부터 매출에 관한 부가가치세를 수령한 다음 자신이 부담했던 매입세액을 공제한 차액만을 국가에 납부함으로써 실질적으로 매입세액을 부담하지 않는다. 반면 면세사업의 경우, 부가가치세법 제39조 제1항 제7호가 면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있으므로, 사업자는 용역을 공급받는 자로부터 매출에 관한 부가가치세를 수령하지 못함에도 매입에 관한 부가가치세를 부담하게 되어 그만큼 원가가 증가하게 된다.

-원고는 이 사건 용역이 부가가치세 과세대상임을 전제로 용역예정금액의 추정가격과 부가가치세를 별도로 명시하여 각 용역전자입찰공고를 했다. 이에 따라 피고들은 이 사건 용역과 관련된 매입세액을 공제받을 수 있다는 계산 하에 각 입찰에 참가했고 원고와 이 사건 각 용역계약을 체결한 것으로 보인다.

◇이 사건 각 용역계약은 지방자치단체가 당사자인 계약으로서, 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 ｢지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률｣(2013. 8. 6. 법률 제12000호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방계약법’이라고 한다)이 적용된다(제4조).

한편 지방자치단체의 장 또는 계약담당자는 입찰 또는 수의계약 등에 부칠 사항에 대하여 해당 규격서 및 설계서 등에 따라 예정가격을 작성하여야 하는데(구 지방계약법 제11조 제1항 본문), 예정가격의 결정기준에 관한 구 ｢지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령｣(2011. 9. 15. 대통령령 제23134호로 개정되기 전의 것) 제10조, 그 위임에 따른 구 ｢지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙｣(2011. 12. 26. 행정안전부령 제266호로 개정되기 전의 것) 제11조는 예정가격에 부가가치세법에 따른 부가가치세 등을 포함시켜야 하고(제1항), 원가계산에 의한 가격을 기준으로 예정가격을 결정하는 경우 해당 계약목적물의 공급가액에 부가가치세율을 곱하여 산출한 부가가치세를 가산하되(제2항), 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 자와 계약을 체결할 때에는 해당 계약대상자가 부담할 비목별 원재료의 부가가치세 매입세액 해당액을 예정가격에 합산한다고 규정하고 있다(제3항).

전용모 로이슈(lawissue) 기자 sisalaw@lawissue.co.kr