장교가 피고인인 경우는 장교가 배심원으로 참여하고, 준사관ㆍ부사관ㆍ군무원이 피고인인 경우는 부사관 이상 또는 군무원 중에서 배심원을 선정해 군 판사와 함께 재판에 참여토록 했다.
사개추위는 군사법원의 독립성 강화를 위해 현행 장관급 장교의 지휘부대에 설치된 86개 보통군사법원을 폐지하고, 국방부 소속으로 1개 고등군사법원 하에 육해공 3군의 군사법원을 통합한 지역관할의 5개 지역군사법원을 설치하기로 했다.
아울러 지휘관이 군사법원이 내린 형량을 감경할 수 있는 ‘관할관 확인권 제도’와 군판사가 아닌 일반 장교가 재판부를 구성하는 ‘심판관 제도’를 평시에는 폐지키로 했다.
또한 군검찰의 중립성 강화를 위해 현행 장관급 장교의 지휘부대에 설치된 94개 보통군검찰부를 폐지하고, 국방부 소속으로 1개의 고등검찰단 하에 육해공 3군의 군검찰 조직을 통합해 지역관할의 5개 지역군검찰단을 설치하기로 했다.
하지만 전시에는 현행 보통군사법원과 군검찰부 체제로 전환해 신속한 대응이 가능하도록 했다.
이와 함께 사개추위는 전체 군판사와 군검사 중 일정비율을 민간인 특정직 공무원으로 충원하도록 했다.