[로이슈 전용모 기자] 대법원 제3부(주심 대법관 오석준)는 원고 미국법인 제노스코(Genosco Inc.)가 피고 동작세무서장을 상대로 제기한 원천징수법인세 환급거부처분의 취소를 구한 사건 상고심에서, 이 사건 노하우 등이 한미조세협약상 '자본적 자산'에 해당한다고 판단해 과세가 면제된다는 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 대법관의 일치된 의견으로 원심법원(서울고법)에 환송했다(대법원 2026. 4. 9. 선고 2023두54761 판결).

원고는 유한양행과 간암 표적치료용 화합물에 관한 기술 및 노하우 등 기술이전계약을 체결했다. 원고는 유한양행으로부터 노하우 이전 대가로 정액기술료와 노하우를 이용해 개발할 완제품 최초 시판일부터 특허만료일까지 매년 일정 비율 기술료를 지급 받기로 약정했다.

유한양행은 2016. 11. 10. 원고에게 정액기술료 중 계약금 5억 원을 지급하면서 피고에게 이에 대한 원천징수 법인세를 납부했다.

원고는 이 사건 소득이 한미조세협약에 따른 국내원천소득이 아니라는 이유로 2017. 7. 12. 피고에게 환급을 구하는 경정청구를 했으나 피고는 2017. 9. 5. 이를 거부했다.

(쟁점사안) 이 사건 소득이 한미조세협약 제16조 제1항(자본적 자산)에 의한 과세 면제 대상인지 여부

1심은 판결문 공개 제한. 원심(2심 서울고등법원 2023. 9. 1. 선고 2023누31029 판결)은 이 사건 노하우 등이 한미조세협약상 '자본적 자산'에 해당해 과세가 면제된다고 판단해 이와 다른 전제에서 행해진 이 사건 처분은 위법해 취소되어야 한다는 1심판결은 정당하다며 피고의 항소를 기각했다.

피고는 만일 이 사건 기술료가 한미조세협약 제14조 제4항의 사용료에 해당하는 경우, 이 사건 기술료의 지급대가에 포함된 이 사건 노하우 등의 사용지가 국내인지 여부에 따라 이 사건 기술료의 국내원천소득 여부를 판단하여야 한다. 그런데 이 사건 기술료의 지급대상인 이 사건 노하우 등은 유한양행이 국내에서 신약을 개발하는데 사용했고, 이 사건 기술료에 국외 사용대가도 포함되어 있다고 볼 근거는 없으므로 이 사건 기술료는 국내원천소득에 해당한다.

결국 이 사건 노하우의 대가로 지급된 이 사건 기술료는 한미조세협약 제16조에 따른 자본적 자산의 양도소득에 해당하지 않아, 이 사건 기술료에 한미조세협약 제16조를 적용하여 면세 할 수 없다고 주장했다.

원심은 이 사건 기술료에는 국내 사용대가와 국외 사용대가가 모두 포함되어 있다고 보이고, 이 사건 기술료 중 국내원천소득이 존재하는지, 존재한다면 얼마가 국내원천소득인지는 과세관청인 피고가 증명하여야 할 것인데 이에 관한 증명이 없는 점에서도 이 사건 기술료에 국외 사용대가가 포함되어 있다고 볼 근거가 없다는 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다고 했다.

이에 대해 대법원은 원심을 파기환송했다.

기술 등 노하우는 미국 내국세법 제1221조 제2호에서 정한 감가상각의 대상에 해당한다고 볼 수 있다. 따라서 사업에 사용되는 노하우의 경우에는 한미조세협약 체결 당시의 미국 내국세법 제1221조 제2호를 참고로 했을 때, 한미조세협약 제16조 제1항이 규정하는 ‘자본적 자산’의 범위에서 일반적으로 제외된다고 봄이 타당하다.

이 사건 노하우 등은 원고가 사업에 사용하는 재산으로서 감가상각 공제가 허용되는 재산이라 할 수 있다. 한미조세협약 체결 당시 문맥에 따르면 한미조세협약상 자본적 자산에 해당한다고 볼 수 없다. 이 사건 노하우 등은 한미조세협상 무형의 개인재산에 포함될 여지가 있다. 이 사건 소득은 노하우 등이 매각되는 장소에 원천을 둔 것으로 취급되어야 한다.

따라서 환송 후 원심으로서는 노하우 등이 무형의 개인재산에 해당하는지 나아가 매각된 장소를 우리나라로 볼 수 있는지에 관해 추가로 심리해야 한다고 했다.

전용모 로이슈(lawissue) 기자 sisalaw@lawissue.co.kr