이 처장은 “한·미 쇠고기 합의는 국민 건강과 직결되는 것인 만큼, 법령이나 아니면 최소한 부령을 통해 발효되도록 해야 했다”며 “법제적 심사도 거치지 않은 장관고시로 시행하는 것은 헌법적으로 문제가 크다”고 밝혔다.
또 “이명박 대통령은 취임 100일을 계기로 제로베이스에서 새 출발해야 한다. 최근 이 같은 뜻을 대통령께 전했다”며 “새 출발이라 함은 전면적 인적 쇄신을 포함하는 것인데, 다만 대통령이 그렇게 받아들였는지는 모르겠다”고 말했다.
아울러 “청와대는 수석비서관의 절반 이상과 비서관의 상당수, 내각은 총리를 포함한 상당수 각료 교체가 필요하다”며 대폭적인 인적 쇄신을 촉구하면서 “촛불집회에서의 요구를 국민의 뜻으로 받아들여야 한다”고 대통령이 국민의 소리에 귀를 기울일 것을 당부했다.
촛불시위 대응과 관련, 그는 “한 달 전 촛불시위가 발생하자 국무회의에서는 장관들이 기껏 유언비어와 언론 성토나 했다”며 “그 때 촛불집회의 본질을 제대로 파악하고 초기대응에 나섰다면 사태가 이렇게까지 악화되지는 않았을 것”이라고 내각의 안일한 태도를 비판하기도 했다.