아울러 법무부는 이번 헌법소원에 대해 “기본권침해 구제를 요청하는 통상의 헌법소원과는 달리 정책반대 목적으로 국가정책의 당부를 판단해 달라는 것”이라며 “국민투표권 및 관습헌법론 매개로 하는 헌법소원은 자칫 민중소송화, 입법권 무력화의 위험이 있고 또한 사법이 입법 및 행정의 영역에 과도하게 개입하는 결과를 초래해 권력분립의 원칙을 훼손할 염려도 있으므로 엄격한 심사가 필요하다”고 지적했다.
이어 법무부는 “특별법은 국가기관에 대해 일정한 행위의무를 부과하고 있을 뿐 국민의 자유와 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 내용이 없고, 행정중심복합도시의 건설은 수도분할에 해당하지 않으며 더구나 청구인들이 받게 된다는 불이익은 법적 이익이 아니라 사실적·간접적·반사적·경제적 이익에 불과해 자기관련성, 직접성 등 적법요건을 갖추지 못했으므로 ‘각하’ 돼야 한다”고 주장했다.
법무부는 또 “특별법은 ▲국무총리 및 행정의 중추기관이 대통령과 같은 지역에 소재해야 한다는 관습헌법도 근거가 없으므로 ‘헌법개정에 관한 국민투표권’을 침해하지 않으며, ▲행정중심도시 건설은 국민투표 대상에 해당하지 않을 뿐 아니라 ▲국민투표 부의여부는 대통령의 재량이므로 국민투표권을 침해하였다고 볼 수 없다”고 덧붙였다.
아울러 법무부는 “▲입법과정에서 65회에 걸친 공청회 또는 토론회 등 충분한 청문절차를 거쳤으므로 청문권 침해는 인정되지 않으며 ▲행정중심복합도시 예정지를 연기·공주 지역으로 특정한 것은 국가균형발전을 위한 최적의 입지라는 판단에 따른 것으로 합리성이 인정돼 평등권을 침해하지도 않고 ▲납세자의 권리 및 재산권, 공무담임권, 직업수행 및 거주이전의 자유, 행복추구권 등을 침해한다고도 볼 수 없는 등 기본권 침해를 인정할 수 없어 ‘기각’돼야 한다”고 강조했다.