또한 군법무관과 같이 중위로 임관하는 군의관의 경우 보수와 관련해 군법무관과 같은 규정이 없어 군인보수법에 따라 적용 받아 형평성 논란도 제기될 전망이다.
서울중앙지법 민사합의42부(송영천 부장판사)는 최근 군법무관 출신 변호사 K(28)씨 등 13명이 “군법무관 시절 판검사보다 덜 받은 보수를 달라”며 국가를 상대로 낸 임금청구소송(2004가합25623)에서 “원고 1인당 1200만원을 배상하라”고 판결한 것으로 25일 확인됐다.
재판부는 판결문에서 “군법무관법이 군법무관의 급여액수나 지급 범위 등을 대통령령에 위임했는데 그 시행령이 정당한 이유 없이 제정되지 않은 것은 행정입법의무를 게을리 한 잘못이 있다”며 “따라서 원고들이 군법무관법에 따라 갖는 상당한 수준의 보수청구권이 침해된 만큼 손해를 배상해야 한다”고 밝혔다..
재판부는 이어 “원고들이 ▲의무복무 형태로 군법무관이 된 점 ▲군법무관은 법관 및 검사와 근무 형태에 차이가 있는 점 ▲군의 통일적 지휘체계 유지 및 군 사기 보전에 따라 군법무관을 다른 장교들에 비해 크게 우대하기는 곤란한 점 등을 감안하면 판검사 봉급과의 차액을 모두 보전해 줄 것은 아니므로 배상액은 1인당 1200만원 정도가 적절하다”고 덧붙였다.
K씨 등은 2001년 사법연수원을 수료하고 그 해 4월부터 지난해 3월까지 군법무관으로 근무하고 전역했으며 군복무 기간에 군인보수법에 따라 급여를 받자 판검사와의 급여 차액을 지급해 달라며 소송을 냈다.
한편 헌법재판소는 지난해 2월 현역 군법무관 E씨 등이 군법무관의 보수를 법관 및 검사의 예에 준해 지급하도록 대통령령으로 제정토록 규정하고 있는데도 시행령이 제정되지 않아 재산권 등을 침해당하고 있다며 제기한 입법부작위 위헌확인사건(2001헌마718)에서 재판관 7대 1의 의견으로 “시행령을 만들지 않은 것은 잘못”이라며 위헌결정을 내렸다.