기술진흥원장은 2010년 8월 25일 원고에 대하여 이 사건 협약이 원고의 책임으로 인한 사업실패로 해지됐다며 이미 지급받은 정부지원금을 반환해 줄 것을 통보했다.
그러자 원고는 “피고의 원고에 대한 정부지원금 반환채권은 정부지원금을 지급한 2008년 12월경 또는 정부지원금 반환을 요구한 2010년 8월 25일로부터 5년의 소멸시효기간을 도과해 소멸했다”며 채무부존재 확인 소송을 제기했다.
1심(2017구합104759 대전지법 제1행정부)은 “재판상의 청구가 각하(피고 중소기업기술정보진흥원은 피고 적격이 없다는 이유)된 후 6개월 내에 제기(2017.8.28.)된 원고의 이 사건 청구와 피고(대한민국)의 응소로 인하여 그 소멸시효는 중단되었다 할 것이다”며 원고의 청구를 기각했다.
항소심(2018누11003 대전고법 제1행정부)역시 피고가 이 사건 지원금 반환채권의 소멸시효 기간 경과 전에 원고가 제기한 이 사건 제1소송에 응소하여 권리를 주장하고, 이 사건 제1소송이 각하된 후 6개월 내에 제기된 이 사건 제2소송에 응소하여 권리를 주장한 것은 모두 소멸시효 중단사유인 재판상 청구에 해당하므로, 그로 인해 이 사건 지원금 반환채권의 소멸시효는 민법 제170조 제2항의 유추적용에 따라 중소기업기술정보진흥원장이 이 사건 제1소송에 응소한 2014. 1. 21.에 중단되었다고 할 것이다”며 원고의 항소를 기각해 1심판결을 유지했다.
하지만 대법원 제1부(주심 대법관 이기택)은 2019년 3월 14일 원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송했다. 이 사건 지원금 반환채권은 2015년 8월 25일 소멸시효 완성으로 소멸했다고 봄이 타당하다는 판단에서다.
대법원은 “이 사건 지원금 반환채권의 소멸시효가 2014년 1월 21일에 소급해 중단되었다고 보아 소멸시효가 완성되지 않았다고 판단한 원심판결에는 소멸시효 중단사유인 응소의 효력에 관한 법리를 오해함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다”고 했다.
대법원은 기술진흥원장은 2014년 1월 21일 응소해 적극적으로 권리를 주장했으나, 그 권리 주장에 관한 판단 없이 제1 선행소송이 2015년 8월 27일 각하돼 응소에는 재판 외 최고의 효력만 인정된다. 비록 제1 선행소송이 각하된 때로부터 6개월 내인 2016년 1월 15일 기술진흥원이 제2 선행소송에 응소했으나, 제2 선행소송마저 2017년 8월 10일 각하되었으므로 위 응소에도 재판 외 최고의 효력만 인정될 뿐이다.
즉, 위 두 차례의 응소에는 민법 제168조 제1호에 따른 시효중단의 효력이 인정되지 않고, 단지 민법 제170조 제2항의 유추적용에 따른 재판 외 최고의 효력만 인정된다고 판단했다.
